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(1)方针微生物的品种 不同品种的微生物在细胞构造、生理特性、体内代谢等方面存在着差异，有的差异较大，如细菌和真菌之间，前者归于原核生物，后者归于真核生物，前者细胞壁的主要成分为肽聚糖，后者的细胞壁主要由几丁质构成等。有的差异较小 如同一个属的各类菌。由于有这样那样的差异，所以各种微生物对灭菌剂作出的反响也不尽相同：
①细胞壁成分的差别影响着灭菌剂进人细胞的难易；
②原生质膜结构的差异造成了膜对物质通透性的差异，对灭菌剂能否顺利触摸作用部位有着重大的影响；
③微生物细胞内的代谢途径中是否存在着受灭菌剂进犯的作用点，这个作用点对'这种微生物又是不是“致命”的，关系到灭菌作用的有无和巨细；
④有些品种的微生物具有分化灭菌剂尤其是有机灭菌剂的身手，使灭菌剂失效；
⑤有些微生物还会对某些灭菌剂发生抗药性。
(2)微生物的开始污染量 研讨证明，当资料或产品污染微生物数量特别大时，本来作用表现得很好的灭菌剂也常常失掉其维护作用，原因可能是：
①当微生物很多繁衍时，会分泌出一些维护性的物质，把菌体包裹起来，使灭菌剂不能与之触摸，因而起不到应有的作用，如微生物分泌的蛋白质维护层使季铵化合物、尼泊金酯、酚醛、含汞制剂失掉灭菌活性；
②很多的微生物在被杀死时耗费了很多的灭菌剂并使之降至有用灭菌浓度以下，使残存的菌又很快繁衍起来。有人在研讨抗坏血酸对生胞梭菌(、C. sporogenes)的芽胞灭菌作用时发现，若用0.2% 抗坏血酸，在75℃处理60min，每毫升10 (2)芽胞时，灭菌率为99%， 而每毫升10(6)个芽胞时，灭菌率仅为37%。